Nach der Inbetriebnahme des Müllheizkraftwerkes Burgkirchen im Jahr 1994 wurden bereits Teilmengen des auf der Deponie Bischofswiesen – Winkl angelieferten Haus- und Sperrmülls zur Verbrennung nach Burgkirchen transportiert (Abfallumladestation). Seit Mitte 2005 wird der gesamte auf der Deponie Bischofswiesen – Winkl angelieferte und dort nicht ablagerungsfähige Abfall umgeladen und je nach Abfallart einer Verwertung oder Beseitigung zugeführt.

Das in der Deponie anfallende Deponiegas wird über ein horizontales Gaserfassungssystem zusammen mit dem Gas aus der Altdeponie mittels Unterdruck abgesaugt. Das gewonnene Deponiegas wurde bis in das Jahr 2005 einem Gasmotor mit angeflanschtem Generator zur Stromerzeugung zugeführt. Wegen des seither nur noch geringen und diskontinuierlichen Deponiegasanfalles und zu schlechter Gasqualität ist eine Verwertung nicht mehr sinnvoll möglich. Das anfallende Deponiegas wird seither über eine Fackel kontrolliert verbrannt.

Anfallendes Sickerwasser wird über ein auf der Deponiebasis verlegtes Drainageleitungssystem erfasst und abgeleitet. Über Speicherbecken und Pumpwerke gelangt es nach regelmäßiger Kontrolle über die kommunale Kanalisation zur Kläranlage Berchtesgaden, wo es zusammen mit den übrigen kommunalen Abwässern gereinigt wird.   

Auf und im Umfeld der Deponie befinden sich umfangreiche Überwachungseinrichtungen für Grund- und Oberflächenwässer mit regelmäßigen Kontrollen durch beauftragte Institutionen, Sachverständige und Behörden. Sämtliche auf der Deponie Bischofswiesen – Winkl befindlichen betriebstechnischen Anlagen werden regelmäßig gewartet und im Zuge der Eigenüberwachung sowie der Fremdüberwachung durch Sachverständige kontrolliert und überprüft.

Die Deponie Bischofswiesen – Winkl erfüllt heute die Anforderungen einer Deponie der Deponieklasse I. Das heißt, es dürfen auf ihr die Abfälle abgelagert werden, die die entsprechenden Ablagerungsanforderungen und -werte gemäß Deponieverordnung einhalten. Dies sind im Wesentlichen ungefährliche Inertstoffe sowie staubdicht verpackte gebundene Asbestabfälle und künstlich hergestellte Mineralfaser–Abfälle (Problemmüll).